PyMol的定位是什么，一句话就是：蛋白结构的操作的工具箱，瑞士军刀，但本身没有什么高级的分析。
1. pymol 介绍 #
PyMOL是一款广泛使用的分子可视化与分析软件，由 Schrödinger 公司开发。 它主要用于 蛋白质、核酸、小分子、配体复合物的三维可视化、结构分析和图像生成。
特点：
- 支持高质量出版级图像渲染
- 提供 Python API，可以编写脚本自动化处理
- 支持 命令行与 GUI 双模式，适合服务器/桌面环境
- 能够处理 PDB、CIF、MOL2、SDF 等多种分子文件格式
pymol核心功能 #
可视化 #
蛋白质/核酸结构：显示为 cartoon、ribbon、sphere、surface 等形式
配体和小分子：显示键、球棍、表面电荷等
复合物分析：轻松观察蛋白–配体、蛋白–蛋白接口
结构对比：结构叠合（super）、 RMSD 计算
可视化定制：颜色、透明度、标签、距离标注
分析 #
距离、角度、二面角测量：适合分析活性位点和突变影响
突变与侧链可视化：分析点突变或多点突变的空间影响
结构优化与能量最小化（部分插件支持）
脚本化分析：可以批量计算 RMSD、表面面积、氢键等
2. pymol 教育版安装 #
登陆官网网址是(https://www.pymol.org/)下载安装包。点击DOWNLOAD NOW后选择对应的系统，我以Windows为例，其他类似。
下载安装后有30天的免费使用期限，如果你是高校学生或者教师可以免费申请 license 去激活，使用教育邮箱即可申请。
教育邮箱申请 license #
在主页点击BUY LICENSE
填写完提交后，过几秒钟后教育邮箱会收到一份包含license下载连接
的邮件
只要下载license即可,然后打开刚刚安装的pymol,点击出现的弹窗，找到刚刚下载的license文件选择确定即可激活，最后是这样的：
